台资企业集中的珠三角各地区，过去主要以“三来一补”、“两头在外”的 加工贸易型企业为主。但由于大陆政策的变化，“三来一补”企业几乎没有优势，因“三来一补”企业由于没有法人资格，国家、省、市出台的很多优惠措施都将它排除在外，其以境外材料加工后出口的模式，不能在国内销售产品，为其主要的限制。特别是增值税转型后，固定资产的进项税额可以抵扣，使得三来一补企业的优势明显削弱。很多“三来一补”企业开始转型为三资企业，既可从事直接出口、内销，也可从事间接出口（即：海关转厂），原“三来一补”企业的出口业务，外商独资企业都可以承接。随着转型成功，问题也来了，有些企业原来是“三来一补”企业时因直接出口和转厂出口增值税都免税，不存在交纳增值税的现象，而成为三资企业以后，在成为“一般纳税人”的情况下，因内销存在交增值税，直接出口退税，间接出口不征不退，征税、免税、退税交织在一起，纳税筹划就显得尤为重要。

对于原“三来一补”企业转独资企业，大部分都是以间接出口为主，间接出口现在国家暂实行“免征增值税、消费税”管理，所涉及的进项税额不得抵扣的政策。从目前实际状况分析，大部分三资企业对于内销、直接出口和间接出口的购进材料的进项税额申报，都按照不能分开核算的方式向税局申报，其法源是根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十六条规定一般纳税人兼营免税项目或者非增值税应税劳务而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
　　不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计

因大部分三资企业出口采用的是进料加工贸易方式，所耗用的材料以进口为主，而内销产品所耗用的材料以国内采购为主，如果进项税额不分开核算，用以上公式，进项税额就必须按销售比例转出，势必转出的进项税额多，而造成多交税。

根据深国税（货）函[2010]14号文件关于增值税若干问题的解答中规定外购货物或劳务的进项税额，要在增值税应税项目、免税项目等不同项目之间划分可抵扣和不得抵扣进项，进项税额划分有以下两种方式：按比例划分（比例法）和按单独核算方式划分（帐实法）。按比例划分是指按各自的销售额、发生额占总销售额、发生额的比例，相应划分各自的进项税额。按单独核算方式划分是指单独设帐记录某项进项税额，期末直接按账面发生数填列,计算增值税应纳税额。单独核算划分进项税额的适用须符合以下两个条件：

　 1、适用于为生产产品所耗用的原材料、外购劳务或用于直接销售的外购货物、外购劳务的进项税额，对于外购水电、低值易耗品等难于单独核算的进项税额一律按比例划分。对于共同消耗又难于直接划分的其它进项，也应按比例划分。
　 2、单独核算的某项业务使用的进项税额，具有相当的单一性和对应性，不能与其它业务使用的进项税额混同。

例如：某外资企业本月间接出口100万，内销30万元，本月取得增值税进项税额10万元（其中用于间接出口的材料进项税额5万元，内销产品的材料进项税额3万元，水电费进项税2万元），假设不考虑直接出口，分别按比例划分和单独核算方式，计算当期应纳税额。

1、采取「比例法」的情况下：

当期间接出口不得抵扣的进项税额=10*100/130=7.69

当期可以抵扣的进项税额=10-7.69=2.31

当期应纳税额=30*17%-2.31=2.79

2、采取「帐实法」的情况下:

当期间接出口购进材料不得抵扣的进项税额=5

当期间接出口耗用水电费分摊的进项税额额=2*100/130=1.54

当期间接出口不得抵扣的进项税额=5+1.54=6.54

当期可以抵扣的进项税额=10-6.54=3.46

当期应纳税额=30*17%-3.46=1.64

两种方法计算出的应纳税额不同,单独核算进项税额可以少交增值税1.15万元。若间接出口的比例愈高，则两种算法的差异就愈大。

从以上例题可以分析得出，生产企业生产的货物既有应税的又有间接出口的，应单独核算间接出口货物的进项税额，在取得有关资料的当月向主管税务机关提出书面申请，填报《工业企业进项税额划分备案表》，申请按单独核算进项税额方式。在实务上，税务机关对于企业申请采用「帐实法」的方式，大多是不同意的，其理由在于造成国税局在增值税的税收短少。因此，困难度相当的高，是值得企业注意的。